Мэрия областного центра поддерживает усилия Архангельской и Холмогорской митрополии в деле пресечения незаконной деятельности нетрадиционных деструктивных религиозных организаций на территории города.

К сожалению сектанские организации используют изощренные технологии с целью проникновения, прежде всего, в сферу образования. При этом данные сообщества как правило представляются коммерческими либо общественными организациями умело используют противоречия в законодательстве, что позволяет им участвовать в различных конкурсах, на оказание услуг по проведению бизнес-семинаров, скрывая свои истинные цели. В частности, это привело к тому, что один из конкурсов в 2011 году в соответствии с 94-м федеральным законом выиграл центр «Праксис-карьера». По информации Архангельской и Холмогорской митрополии данная организация связана с так называемой «саентологической церковью», которую во многих странах мира признали социально опасной организацией. В настоящее время данный контракт уже не действует.

Кроме того, мэрия Архангельска плодотворно сотрудничает с Архангельской и Холмогорской митрополией по развитию преподавания основ Православия в школах города. С 2004 года в школе №38 созданы классы с православным культурным компонентом. Все наставники ребят в школе работают над воспитанием духовно-нравственных качеств личности, знакомят учащихся с творческим наследием великих подвижников России. Шесть лет в Архангельске проводятся городские педагогические чтения "Свет Руси", в прошлом году в них приняло участие более 100 архангельских педагогов и свыше 100 школьников из 52 образовательных учреждений. Ежегодно проводятся олимпиады по Основам православной культуры, в которых участвуют сотни школьников города.